然而在战斗方面，Undertale也有值得吐槽的部分。例如，玩家如果想通过与敌人互动和同情来击败敌人，那么就必须以特定的顺序和模式与敌人互动，这需要消耗一定的回合。在回合期间，玩家需要躲避敌人的弹幕射击。如果同时有多个敌人出现，玩家每次只能选择一个敌人作为互动对象，而每回合的弹幕射击却是随着敌人数目的增加而叠加的。这使得玩家面对三个敌人同时出现的情形时极为痛苦，与多个敌人同时战斗的体验很不友好，尽管这只是对剧情发展无足轻重的小怪遭遇战，玩家最好的选择却只能是脚底抹油逃之夭夭。另外，如果说RPG打怪战斗还存在技能多样性的话，那么Undertale互动和同情的战斗方式则只有单调了。对第一次遇到的敌人玩家需要探索互动机制，再次遇到则只需要复制之前的操作即可。从这一角度来看，Undertale提供的战斗方式并没有好过它所鄙夷的打怪RPG。
在游戏进程方面，中立路线的地位十分尴尬。Undertale赋予了主角需要面对的地下世界的妖怪们丰富独特的性格，每一个妖怪角色看起来都那么有魅力。主角选择彻底的同情或彻底的杀戮均有逻辑上的合理性，然而选择部分杀戮的中立路线没有。这使得中立路线的相比另外两个路线要弱上很多。
