在游戏中，玩家操纵的掉进洞窟的小女孩儿首先遇到的是邪恶的意图窃取人类灵魂的Flowey，随后被妖怪王国隐居的王后Toriel所搭救。在进入地底世界之后，小女孩儿先后遇到了骷髅兄弟Papyrus和San，王国护卫队队长Undyne，王国首席科学家Alphys和她开发的狂热机器人Mettaton，最终面对已经收集了6个人类灵魂的妖怪国王Asgore。只要集齐7个人类灵魂，妖怪就能拥有强大无比的力量，足以打破封印重返地上世界。这是Undertale的基本世界观设定和主线共通内容。玩家如果选择不杀死任何敌人，那么将达成和平主义路线的完美结局，并能够知道妖怪世界和游戏设定中的绝大多数秘密。在和平主义路线中，每一个角色都会对主角产生好感并成为朋友，与主角发生大量妙趣横生的互动剧情。玩家如果选择持续无差别杀戮，那么大部分场景NPC将因为恐惧而消失，玩家变得孤身一人在昏暗的地底世界前进和屠杀。玩家变得臭名昭著，最终化身希特勒而被系统抹杀，删除游戏存档。而如果有选择地击杀部分角色，玩家将达成中立路线。
这三种路线中，和平主义路线是剧情最丰富、设计最精心、体验最多样的。这可以看做是游戏作者最推崇的通关路线，Undertale也因此代表着游戏作者对传统RPG的逆反和颠覆。怪物不再单单是经验值的来源，而是一个个有个性有故事的地底生物。游戏背景中人类与妖怪曾经平等的设定更强化了这样的体验。玩家再也不能自视神明而将史莱姆们无差别抹杀，与妖怪们平等地交朋友成为新的也是正确的选择。
