《东方灵异传 ～ Highly Responsive to Prayers.》的第1-5关以及《东方封魔录 ～ the Story of Eastern Wonderland.》的第1关都是以博丽神社作为舞台的。
作为守矢神社的分社
《风神录》当中，八坂神奈子计划回复自家神社的信仰，其中一个步骤就是在幻想乡内建立守矢神社的分社。灵梦考虑一下后接受。于是博丽神社为人们带来了风雨、五谷丰穰、武运等利益，所以渐渐为人好评，开始有人前来参拜。
博丽神社附近
博丽神社附近每逢夜晚都会出现恶灵和怪物。神社西边有墓地，借由在东边的彼岸升起并落在西边墓地的太阳以抑制这些灵魂。神社的后山则有通向梦幻世界的湖及作为魔界之门的洞窟。
《东方幻想乡 ～ Lotus Land Story.》第1-3关中神社的后山及后山的湖，《东方怪绮谈 ～ Mystic Square.》第1关中通往魔界的洞窟，还有《红魔乡》夜晚时的神社背面，这些作品都分别用了这些位置成为舞台。
外界的博丽神社
由于博丽神社位于幻想乡的边界，所以同样存在于外界。由于博丽大结界是常识的结界，持有外界知识的人将博丽神社视为在外界的，而持有幻想乡知识的人则视为在幻想乡内的。不过自从博丽大结界成立以来就没有人知道神社在外界的样子，现在也没有人去研究这件事。不过在《香霖堂》中记述，霖之助曾在结界减弱之际飞越结界到幻想乡以外，望向神社看见有很多人聚集在那里。《莲台野夜行》的宇佐见莲子也有计划过前往（外界的）博丽神社。
