《合金装备V：幻痛》发生在1984年，在一手建立的佣兵组织“无界之师”于《原爆点》结尾被摧毁后，主角大首领（Big Boss）也陷入了长达九年的昏迷。 醒来后，世界发生了翻天覆地的变化，而他重新建立了佣兵组织“钻石狗”。在名为“毒蛇”的代号下，他重新卷入了位于阿富汗的苏联入侵行动中，目的是寻找要为袭击“无界之师”事件而负责的人。为了达成复仇，他重新召集了他的劲敌“山猫”并与一批忠诚的战士们相遇，谱写新的历程。他与米勒在复仇的过程中发现了名为“密码”的组织正在开发一款甚至可以超越合金装备的武器，而Big Boss的任务也迅速转变为消灭新的威胁。
同时，游戏还包含制作人小岛秀夫惯有的幽默气息。比如主角Big Boss可以使用的装备中有被称为“终极隐蔽科技”的道具纸箱子。玩家可以藏在纸箱子里进行移动，并突然钻出纸箱子用消音麻醉手枪击倒敌人。
同时，游戏还包含制作人小岛秀夫惯有的幽默气息。比如主角Big Boss可以使用的装备中有被称为“终极隐蔽科技”的道具纸箱子。玩家可以藏在纸箱子里进行移动，并突然钻出纸箱子用消音麻醉手枪击倒敌人。
