在the latter tale. 中的场景则和the first tale.几乎相同，但两作的人物几乎没有通过直接见面的方式，而是以电子邮件等方式交流，使玩家往往误认为这是发生在两个互相连通的平行宇宙中的故事，而结局却表明了the latter tale.中的音羽城是由火村夕参与设计建造，坐落于与原来音羽城经纬度基本相同而处于南半球（设定为澳大利亚的音羽）地点，并且完全仿造日本的音羽城样式建造的景观城市。
幕间 紧接着the first tale. 的尾声，雨宫优子叙述了她的故事后，火村夕也把他过去一年的经历与及会过来这间教会的原因细细道出。
第三章 新藤千寻 爱好阅读并有志于从事写作的少年麻生莲治，每天放学后都会在无人的车站度过属于自己的时间。而突然有一天，车站里坐着一位少女——新藤千寻，与其相识并成为朋友。在两人的距离逐渐缩短的同时，莲治也知道了千寻患有记忆障碍的事实。自己对千寻的感情与日俱憎，但千寻对自己的感情却始终停留在初相识的阶段，莲治渐渐充满迷茫，而千寻也明白自己与其他人有所接触的话只会彷害对方的未来，于是……
第四章 羽山瑞希 莲治的表妹羽山瑞希来到莲治的家中度过暑假，莲治的母亲堇因为某些原因在白天时把瑞希交给隔壁的小提琴手久濑修一照顾。他们本应按捺不住亲近彼此的愿望，但久濑却有一个秘密，使他不能接纳瑞希的好意……
